Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Ochrona lasu ma na celu utrzymanie we właściwej kondycji zdrowotnej drzewostanów. W związku z tym  należy szczególną uwagę poświęcić właściwemu stanowi sanitarnemu lasu. Prawidłowe wykonanie cięć pielęgnacyjnych i sanitarnych oraz stała, bieżąca kontrola stanu lasu zapobiegają gradacji szkodników. Prowadzona obecnie kontrola występowania owadów pozwala stwierdzić, że nie ma obecnie zagrożenia typu gradacyjnego ze strony szkodników pierwotnych, natomiast szkody wyrządzane w drzewostanach świerkowych przez korniki  wymagają ingerencji człowieka poprzez wykładanie pułapek klasycznych, feromonowych, a w ostateczności używanie środków chemicznych do zabezpieczenia surowca.

Istotnym zagrożeniem w skali Nadleśnictwa są szkody wyrządzane przez zwierzynę płową (zgryzanie i spałowanie). Najpopularniejszą metodą przeciwdziałania tym szkodom jest chemiczne zabezpieczanie upraw, młodników i starszych drzewostanów za pomocą repelentów (substancji odstraszających). Stosuje się również zabezpieczanie za pomocą mechanicznych osłonek i pakuł. W przypadku bardzo cennych upraw (uprawy pochodne i zachowawcze) stosuje się grodzenie upraw specjalistyczną siatką.

Aby z pewnym wyprzedzeniem prognozować pojawianie się zagrożenia ze strony owadzich szkodników lasu prowadzony jest monitoring, tzn.:

1.  Stałe dokonywanie kontrolnych jesiennych poszukiwań szkodników pierwotnych sosny.
2.  Obserwacja występowania brudnicy mniszki na grupach drzew kontrolnych i w pułapkach feromonowych i metodą transektu (obserwacja samic w czasie jednokrotnego przejścia przez drzewostan).
3.   Badanie zapędraczenia gleby (głównie w przypadku zalesień gruntów porolnych i na szkółce).

Największym wrogiem lasów świerkowych jest malutki kornik drukarz. Pojawia się masowo w momencie osłabienia drzewostanów np. przez długotrwałą suszę lub wiatrołomy. Zwalczanie nie różni się w zasadniczy sposób od zwalczania innych szkodników. Stosuje się pułapki klasyczne i feromonowe. Sukcesywne wycinanie drzew opanowanych przez kornika w znacznym stopniu ogranicza jego liczebność.

Lasy Nadleśnictwa Dojlidy nie wykazują uszkodzeń spowodowanych przez przemysł.

Ochrona lasu przed pożarami

Całość lasów Nadleśnictwa Dojlidy została zaliczona do I (najwyższej) kategorii zagrożenia pożarowego. Wynika to z warunków klimatycznych i terenowych oraz warunków biotycznych (m.in. wiek i skład gatunkowy drzewostanów). Na bardzo dużą ilość pożarów wpływa intensywny ruch turystyczny - lasy nadleśnictwa wykorzystywane są jako baza wypoczynkowa przez mieszkańców Białegostoku.
Ze względu na znaczne zagrożenie pożarami w okresie od 1.03. do 30.10. pełnione są dyżury w siedzibie nadleśnictwa. W ciągu dnia utrzymywany jest w gotowości samochód patrolowo-gaśniczy z załogą. W przypadku katastrofalnego zagrożenia pożarem dyżur pełnią również pracownicy terenowi w leśniczówkach.